A partir de finais da década de 20 de Quinhentos, d. João III (1521-1557) decidiu iniciar a colonização do Brasil, tendo adotado, ao longo do período compreendido entre 1530 e 1548, três modelos diferentes para garantir o sucesso da empresa, pretendendo responder à tenaz resistência oposta por vários grupos tribais ameríndios à fixação de portugueses no seu território e às alterações verificadas nas vertentes geopolítica e econômica mundiais.

A alternativa correta é letra C) foi constituída por um sistema misto, que articulava um forte empenhamento militar, econômico e judicial da coroa com a manutenção das capitanias donatárias.

Vamos analisar cada alternativa, para identificar o terceiro modelo adotado pela coroa portuguesa para a colonização do Brasil.

A) Foram retomadas todas as capitanias donatárias e o Conselho Ultramarino passou a indicar a figura de um vice-rei, que governava a partir de Salvador.

INCORRETO. A figura do vice-rei só foi introduzida no Brasil em 1640, quase um século após o período mencionado na questão. Além disso, não houve a retomada de todas as capitanias donatárias, pois algumas delas foram mantidas. Alternativa errada.

B) Foi instalada uma nova ordem político-administrativa, sob o comando dos juízes da Câmara Municipal da capital Salvador, os chamados homens bons.

INCORRETO. A instituição da Câmara Municipal, com os "homens bons", era uma prática comum no período colonial, mas não era o terceiro modelo de colonização adotado por d. João III. Além disso, a administração colonial estava sob a responsabilidade do governador-geral, e não dos juízes da Câmara Municipal. Alternativa errada.

C) Foi constituída por um sistema misto, que articulava um forte empenhamento militar, econômico e judicial da coroa com a manutenção das capitanias donatárias.

CORRETO. O terceiro modelo de colonização adotado por d. João III foi a criação do Governo-Geral, em 1548, que de fato constituiu um sistema misto. Nesse sistema, a coroa portuguesa assumiu um papel mais ativo, especialmente no que se refere à defesa militar e à administração da justiça, mas manteve a divisão do território em capitanias hereditárias, que eram administradas por donatários. Esse modelo combinava, portanto, o empenhamento direto da coroa com a manutenção de elementos do sistema de capitanias donatárias.

D) Foi estabelecido um conselho administrativo, que contava com a participação dos capitães donatários e com representantes da burguesia mercantil portuguesa.

INCORRETO. Não há registro histórico de que tenha sido estabelecido um conselho administrativo com a participação dos capitães donatários e representantes da burguesia mercantil durante o período de colonização do Brasil. Alternativa errada.

E) Foi colocado em prática um formato administrativo tradicional da península Ibérica, no qual o comando da colônia estava nas mãos das capitanias reais.

INCORRETO. As capitanias reais só foram estabelecidas no Brasil no século XVII, após a expulsão dos holandeses. Além disso, esse formato não corresponde ao terceiro modelo de colonização adotado por d. João III. Alternativa errada.

Portanto, a alternativa correta é a LETRA C.