Segundo a classificação dos órgãos na Administração Pública, é órgão autônomo:

A alternativa correta é letra A) o Ministério da Economia.

Gabarito: LETRA A.

A questão versa acerca da Administração Pública. Nesse contexto, dentre as alternativas, somente é um órgão autônomo o Ministério da Economia. Com efeito, os órgãos autônomos, por sua vez, subordinam-se à chefia dos órgãos independentes, porém gozam de autonomia administrativa, financeira e técnica, participando das decisões governamentais, conforme explica Maria Sylvia Di Pietro (Direito Administrativo. 27. ed. São Paulo: Atlas, 2014, p. 593):

Autônomos são os que se localizam na cúpula da Administração, subordinados diretamente à chefia dos órgãos independentes; gozam de autonomia administrativa, financeira e técnica e participam das decisões governamentais. Entram nessa categoria os Ministérios, as Secretarias de Estado e de Município, o Serviço Nacional de Informações e o Ministério Público.

Portanto, gabarito LETRA A.

Analisando os demais itens, temos o seguinte:

b)  a Caixa Econômica Federal.

Incorreto. A CEF é uma empresa pública federal. As empresas públicas são sempre pessoas jurídicas de direito privado, que podem assumir qualquer forma admitida em direito, integrantes da administração indireta, com capital exclusivamente público, que têm sua criação autorizada por lei específica, para prestar serviços públicos ou explorar atividade econômica de relevante interesse público. Elas têm a seguinte conceituação, conforme Vicente Paulo e Marcelo Alexandrino (Direito Administrativo Descomplicado. 23. ed. São Paulo: Método, 2015, p. 72-73):

Dessa forma, podemos conceituar empresas públicas como pessoas jurídicas de direito privado, integrantes da administração indireta, instituídas pelo Poder Público, mediante autorização de lei específica, sob qualquer forma jurídica e com capital exclusivamente público, para a exploração de atividades econômicas ou para a prestação de serviços públicos.

[...]

São exemplos de empresas públicas: Empresa Brasileira de Correios e Telégrafos (ECT); Serviço Federal de Processamento de Dados (SERPRO); Caixa Econômica Federal (CEF). 

Vejamos suas principais características:

• Natureza Jurídica da Personalidade: Direito Privado
• Tipo de Serviços: Atua no Domínio Econômico ou Presta Serviços Públicos.
• Regime de Bens: Regime de Direito Privado Mitigado. Bens penhoráveis.
• Formalização de Contratos: Atividades-fim: sem licitação. Atividades-meio: licitação
• Administração: Autonomia Administrativa e Financeira
• Regime de Pessoal: Celetistas (emprego público)
• Formação de Capital: Capital 100% público.
• Forma Jurídica: Qualquer forma admitida em direito.

c)  o Ministério Público Federal.

Incorreto. Na verdade, o Ministério Público Federal é um exemplo de órgão público, classificado como um órgão independente. Com efeito, os órgão independentes são do mais alto escalão, previstos diretamente no texto constitucional, sem qualquer subordinação hierárquica ou funcional. É o que nos dizem Vicente Paulo e Marcelo Alexandrino (Direito Administrativo Descomplicado. 23. ed. São Paulo: Método, 2015, p. 115-116):

Órgãos independentes são os originários da Constituição e representativos dos Poderes de Estado - Legislativo, Executivo e Judiciário -, colocados no ápice da pirâmide governamental, sem qualquer subordinação hierárquica ou funcional, e só sujeitos aos controles constitucionais de um Poder pelo outro. [...] De se incluir, ainda, nesta classe o Ministério Público federal e estadual, as defensorias públicas e os Tribunais de Contas da União, dos Estados-membros e Municípios, os quais são órgãos funcionalmente independentes e seus membros integram a categoria dos agentes políticos, inconfundíveis com os servidores das respectivas instituições.

d)  o Instituto Nacional da Seguridade Social.

Incorreto. O INSS é uma autarquia federal. Efetivamente, uma autarquia tem natureza jurídica de Direito PÚBLICO e seus bens e receitas não se confundem com os da Administração Direta, uma vez que as autarquias gozam de patrimônio próprio, o qual gere, como pessoa jurídica de direito público autônoma, conforme lição de Vicente Paulo e Marcelo Alexandrino (Direito Administrativo Descomplicado. 23. ed. São Paulo: Método, 2015, p. 41):

As autarquias são entidades administrativas autônomas, criadas por lei específica, com personalidade jurídica de direito público, patrimônio próprio e atribuições estatais determinadas. 

Como pessoa jurídica de direito público, obedece os princípios da administração pública e gozam de prerrogativas semelhantes. Desse modo, possui capacidade de autoadministração, devendo organizar-se hierarquicamente (poder hierárquico) em um conjunto de órgãos, contando com quadro de servidores próprios, que não são servidores da administração direta, mas servidores dos próprios quadros da autarquia.

Por fim, a autarquia apresenta os seguintes elementos formadores

• personalidade jurídica de direito público
• Criada por lei específica
• Capacidade de Autoadministração
• Descentralização por outorga legal
• Controle finalístico (ou de tutela), exercido pelo ente que a criou.

Desse modo, confirma-se gabarito LETRA A.