A respeito da classificação dos órgãos públicos, podemos afirmar que: 

A alternativa correta é letra D) A Secretaria de Educação Municipal é um órgão autônomo.  

Gabarito: letra D.

a)  Os órgãos representativos de poderes que não se subordinam hierarquicamente a nenhum outro, tais como a Chefia do Executivo, são classificados como órgãos independentes.  – gabarito da banca: errada; gabarito do professor: certa.

Sobre os órgãos independentes, esclarecem Ricardo Alexandre e João de Deus:

“Órgãos independentes (ou órgãos primários do Estado): são aqueles previstos na Constituição e representativos dos Poderes do Estado (Executivo, Legislativo e Judiciário). Não sofrem qualquer tipo de subordinação hierárquica ou funcional, sujeitando-se apenas aos controles constitucionais de um Poder pelo outro. Incluem-se nessa categoria o Congresso Nacional, a Câmara dos Deputados, o Senado Federal, as Assembleias Legislativas, Câmaras de Vereadores, Presidência da República, Governadorias dos Estados e do Distrito Federal, Prefeituras Municipais, Tribunais Judiciários e Juízos singulares. Pelo alto grau de independência, conferido pela própria Constituição Federal, integram também essa categoria o Ministério Público, as defensorias públicas e os Tribunais de Contas;” (grifou-se) (ALEXANDRE, Ricardo; DEUS, João de. Direito Administrativo Esquematizado.1ª ed. São Paulo: Método, 2015.E-book. P.71)

Logo, realmente é considerado órgão independente a Chefia do Executivo, pelo que correta a alternativa.

b)  O Ministério Público Estadual pode ser considerado um órgão independente.  – gabarito da banca: errada; gabarito do professor: certa.

Vejamos mais uma vez a lição de Ricardo Alexandre e João de Deus:

“Órgãos independentes (ou órgãos primários do Estado): são aqueles previstos na Constituição e representativos dos Poderes do Estado (Executivo, Legislativo e Judiciário). Não sofrem qualquer tipo de subordinação hierárquica ou funcional, sujeitando-se apenas aos controles constitucionais de um Poder pelo outro. Incluem-se nessa categoria o Congresso Nacional, a Câmara dos Deputados, o Senado Federal, as Assembleias Legislativas, Câmaras de Vereadores, Presidência da República, Governadorias dos Estados e do Distrito Federal, Prefeituras Municipais, Tribunais Judiciários e Juízos singulares. Pelo alto grau de independência, conferido pela própria Constituição Federal, integram também essa categoria o Ministério Público, as defensorias públicas e os Tribunais de Contas;” (grifou-se) (ALEXANDRE, Ricardo; DEUS, João de. Direito Administrativo Esquematizado.1ª ed. São Paulo: Método, 2015.E-book. P.71)

Nesse sentido, tem-se que o Ministério Público também é classificado como órgão independente, pelo que correta a alternativa.

c)  A Câmara Legislativa Municipal é um órgão superior.   – errada.

Conforme visto acima, a Câmara Legislativa Municipal, em verdade, também é órgão independente, e não órgão superior, pelo que incorreta a alternativa.

d)  A Secretaria de Educação Municipal é um órgão autônomo.   – certa.

Realmente, os Ministérios e Secretarias Estaduais e Municipais classificam-se como órgãos autônomos, os quais estão localizados na cúpula da Administração, imediatamente abaixo dos órgãos independentes e diretamente subordinados a seus chefes, bem como possuem ampla autonomia administrativa, financeira e técnica, caracterizando-se como órgãos diretivos. (ALEXANDRE, Ricardo; DEUS, João de. Direito Administrativo Esquematizado.1ª ed. São Paulo: Método, 2015.E-book. P.71)

Correta a alternativa, portanto.

Como a questão possui 3 alternativas corretas, deveria ter sido anulada.