Integram a Administração Direta:

A alternativa correta é letra B)  Ministérios e Secretarias de Estado.

A questão versa acerca da Administração Pública e sua organização. Nesse contexto, repare que Autarquias, Fundações Públicas, Empresas Públicas e Sociedades de Economia Mista são entidades da Administração Indireta. Agências Executivas e Reguladoras também são entidades da administração indireta. Assim, dentre as alternativas, somente Ministérios e Secretarias de Estado integram a administração direta e são classificados como órgãos autônomos.

Com efeito, os órgãos autônomos, subordinam-se à chefia dos órgãos independentes, porém gozam de autonomia administrativa, financeira e técnica, participando das decisões governamentais, conforme explica Maria Sylvia Di Pietro (Direito Administrativo. 27. ed. São Paulo: Atlas, 2014, p. 593):

Autônomos são os que se localizam na cúpula da Administração, subordinados diretamente à chefia dos órgãos independentes; gozam de autonomia administrativa, financeira e técnica e participam das decisões governamentais. Entram nessa categoria os Ministérios, as Secretarias de Estado e de Município, o Serviço Nacional de Informações e o Ministério Público.

Portanto, gabarito LETRA B.