A alternativa correta é letra C) III.

Os sistemas operacionais mais atuais, como o Linux e o Microsoft Windows, possuem um sistema simples e flexível para tratar arquivos. Essa flexibilidade é importante pelos seguintes motivos:

I – eliminam o desperdício de espaço no disco rígido;

II – limitam a capacidade de armazenamento dos arquivos de dados;

III – possibilitam uma organização personalizada da estrutura de diretórios.

É(São) correto(s) APENAS o(s) motivo(s)

a)  I.

b)  II.

c)  III.

d)  I e II.

e)  II e III.

Analisando as afirmativas, temos que:

I – eliminam o desperdício de espaço no disco rígido;

Errada: ambos os sistemas operacionais utilizam o armazenamento de dados em clusters no disco rígido, o que inevitavelmente gera desperdício de espaço. O cluster é a menor quantidade de bytes em que pode ser subdividido um arquivo, ou seja, nenhum arquivo pode ocupar menos do que um cluster. Ocorre que quase sempre o  tamanho de um arquivo não é um múltiplo exato do tamanho do cluster, havendo desperdício de espaço nos clusters que não são totalmente ocupados com alguma parte do arquivo. Caso um arquivo seja pequeno de forma a não ocupar todo o cluster, também haverá desperdício de espaço. 

II – limitam a capacidade de armazenamento dos arquivos de dados;

Errada: os sistemas operacionais não "limitam" a capacidade de armazenamento de arquivos. Tal limite é definido pela capacidade máxima de armazenamento das unidades de memória auxiliar disponíveis para uso. 

III – possibilitam uma organização personalizada da estrutura de diretórios.

Certa: de fato, tanto o Windows quanto o Linux permitem a criação de diretórios (chamados de pastas no Windows) de forma estruturada e hierárquica para organizar arquivos em unidades de grandes capacidades de armazenamento. 

Assim sendo, A RESPOSTA É A LETRA C.